Nel 1584 Filippo Fava, grazie alla cospicua dote ricevuta in occasione delle nozze con Ginevra Orsi, incaricò i tre Carracci di affrescare alcune sale al piano nobile del palazzo. Furono scelte diverse storie mitologiche tra cui il mito di Europa, la storia di Giasone e alcune storie tratte dall’Eneide. Ludovico, Agostino e Annibale Carracci, nonostante si trovassero a realizzare tra i primi cicli importanti della loro carriera, raggiunsero risultati elevatissimi per naturalismo antiaccademico e maturità pittorica. Nel ciclo dedicato a Giasone di grande impatto rimangono le scene dedicate a Medea dove i Carracci rivoluzionano la tradizionale partitura narrativa rappresentando più azioni all’interno dello stesso riquadro. In questo senso la grandezza dei Carracci risiede non solo nell’abilità tecnica ma anche nella capacità di inventare e concepire il racconto direttamente dal testo poetico senza l’aiuto di un letterato che suggerisse come descrivere la storia. Successivamente, nel 1587-88, dipinsero anche una delle quattro sale dell’Eneide, illustrando i libri II e III del poema virgiliano. Le restanti furono decorate dai loro allievi, in particolare da Francesco Albani e Bartolomeo Cesi.
Ludovico sicuramente seguì i lavori e collaborò all’ideazione dei riquadri. L’Albani, alle prese con il I e IV libro dell’Eneide, è riconoscibile per il suo stile particolarmente “raffaellesco” mentre il Cesi, incaricato di raffigurare il V libro, è caratterizzato da un profondo senso della controriforma nella sobrietà della composizione in favore del vero. Se l’Eneide era tema privilegiato nelle decorazioni dei palazzi bolognesi (Niccolò dell’Abate realizzò il ciclo presso Palazzo Leoni e Palazzo Poggi), per il ciclo di Giasone il discorso si fa più complesso. Da un lato ci fu di certo un ritorno letterario che rese questo mito “alla moda”, ma si presuppone ci fosse anche un riferimento alla storia personale della Famiglia Fava. Due le ipotesi: una sta nella figura di Giasone, che con razionalità e sforzo riesce a perseguire il suo obiettivo (la conquista del vello) contro la lussuria (i tori), l’orgoglio (il drago), e il vizio (dente del drago), divenendo quindi exemplum da seguire. L’altro sta nella massiccia presenza nel racconto dell’elemento magico e dell’inganno impersonificato da Medea, che richiama il rapporto tra scienza medica e magia, discipline cui erano dediti i componenti della famiglia Fava.