L’ingresso principale ospita la fedele riproduzione del più grande “ritratto” rinascimentale di una città italiana: Bologna. L’affresco originale, commissionato nel XVI secolo dal papa bolognese Gregorio XIII, è inaccessibile ai visitatori in quanto si trova all’interno del Palazzo Apostolico Vaticano, adiacente agli appartamenti privati del Pontefice.

Al centro della corte di Palazzo Pepoli, l’Architetto Mario Bellini ha collocato la Torre del Tempo, una struttura in vetro e acciaio inondata dall’alto di luce naturale. La Torre “reinventa” la corte e rievoca la Bologna delle Torri,  rendendo possibile e fluido l’intero percorso di visita tra piano terra e piano nobile.